Aardenburg werd in de middeleeuwen Rodenburgh of Rodanburch genoemd, hetgeen weer afstamde van Rodanum, een Romeinse nederzetting rond de tijd van Christus. Waarschijnlijk vernoemd naar het ter plekke lopende riviertje met de naam Rodana, mogelijk de latere Ee. Het castellum Rodanum was de grootste Romeinse nederzetting van het deltagebied en naar schatting een vierkante kilometer groot. Het is zo rond het jaar 175 aangelegd en de muren rond het castellum waren 6 tot 7 meter hoog. Langs de Noordzeekust waren 10-tallen forten aangelegd in opdracht van de Romeinse keizer Marcus Aurelius.

De stad kreeg kort voor 1187 stadsrechten en is daarmee één van de oudste steden van Nederland. Het was toen een havenstad en met de zee verbonden door een riviertje (de Ee). In de 13e eeuw veranderde de naam van de stad in Ardenborch en was toen één van de ‘Londensche Hanze’-steden. De Franken en de Friesen hebben er gevechten geleverd en ook zijn de Noormannen binnengevallen. Aardenburg groeide uit tot een belangrijke handelsplaats door de gemakkelijke bereikbaarheid via het Zwin en de Ee en door het achterland met Brugge als hoofdplaats. Door zijn ligging en belangrijkheid was Aardenburg rond 1300 al een vestingstad met naar schatting 6000 inwoners; in inwoneraantal en oppervlakte beduidend groter dan nu. In 1299 kreeg Aardenburg toestemming van Gwijde van Dampierre, regent van Vlaanderen, om te versterken met dubbele wallen, dubbele grachten en 4 stadspoorten.

In 1604 viel Aardenburg nog ten prooi aan Prins Maurits, welke nadien weer de vesting versterkte, modernere wallen aan liet leggen en de schansen versterkte. Na de vrede van Münster in 1648 raakten de vestingwerken in verval. In 1672 hebben ze nog dienst gedaan tegen de Fransen. Van 1688 tot 1701 zijn ze echter grotendeels afgebroken.

Op een 16e eeuwse zegel verschijnt als eerste een wapenschild van de stad Ardenborch. Het schild vertoont een getinneerde poort met valdeur. Het wapen wordt verder geflankeerd door twee leeuwen.

De leeuwen zijn verleend in 1672, naar aanleiding van het heldhaftige verzet van de stad tegen de Fransen. De kroon werd in 1604 door prins Maurits verleend na de verovering op de Spanjaarden. De Hoge Raad van Adel heeft de burcht in de huidige vorm verleend.

Aardenburg had eerst 4 stadspoorten. Hiervan is alleen de Kaai of de westpoort nog over.

Oorspronkelijk had de stad 3 kerken waarvan de grootste, de Maria kerk. Overgebleven zijn de Parochiekerk H. Maria Hemelvaart en de Sint-Baafskerk. Laatstgenoemde geniet grote bekenheid vanwege muzikale uitvoeringen zoals de Matthäus Passion.

In 1957 zijn er in Aardenburg vuurstenen voorwerpen gevonden uit ca. 5000 jaar voor Christus. Veel is terug te vinden in het Aardenburg museum. Het museum herbergt een bijzondere verzameling bodemvondsten uit Aardenburg uit de prehistorie, de Romeinse tijd en de middeleeuwen. Uit de midden steentijd en nieuwe steentijd dateren verscheidene typen vuurstenen werktuigen. De Romeinse collectie, voornamelijk afkomstig uit het in de tweede eeuw gestichte castellum, brengt het dagelijkse bestaan uit die tijd tot leven aan de hand van aardewerk, munten, kammen, sierstenen, spelden, speelschijfjes, cultusbeeldjes en dergelijke. Het skelet van een Germaanse krijger, vermoedelijk één der plunderaars van Romeins Aardenburg, behoort tot de meest aansprekende vondsten. Verder toont het museum een fraaie collectie middeleeuws aardewerk uit de tijd dat Aardenburg een belangrijke Vlaamse havenstad was. Meerdere exemplaren zijn ‘misbaksels’, afkomstig uit de afvalkuilen van een pottenbakkerij. Achter het museum ligt een tuin met inheemse kruiden en planten die vroeger veel in de streek voorkwamen.